Dès son plus jeune âge, il est un fervent cinéphile. Cet amour immodéré du cinéma le fait même renvoyé de l’école primaire.
Au moment des indépendances, le jeune Cissé organise au sein des mouvements de jeunesse des projections de film. Il obtient une bourse soviétique et part à Moscou une première fois, pour apprendre le métier de projectionniste. Il y découvre également la photo et, de retour à Bamako, exerce la double profession de photographe et de projectionniste.
Il obtient rapidement une seconde bourse pour aller étudier durant 5 ans le cinéma au VGIK de Moscou. A son retour, il entre au ministère de l’Information et en 1972, tourne avec ses propres moyens 5 jours d’une vie, la vie d’un jeune homme auquel l’école coranique n’a offert aucun débouché concret, et qui est forcé de vivre de rapines.
En 1974, il se lance dans la grande aventure du long-métrage : Den Mousso. Centré sur les problèmes des jeunes dans une société en mutation, ce film d’une grande puissance émotionnelle donne le ton des préoccupations et du style du cinéaste. Son film est une oeuvre politique et poétique forte qui nous fait partager la lutte quotidienne d’une jeune fille muette, au sein de sa famille et de sa société.
En 1977, Cissé réalise un second long-métrage, Baara, dans lequel il évoque les problèmes d’une classe ouvrière naissante. Le film a été primé aux festivals de Namur, Carthage, Ouagadougou.
