Des extraterrestres réfugiés sur la terre depuis près de 30 ans deviennent un problème international explosif. Parqués dans le District 9, leur destin est entre les mains d’une multinationale, le MNU, qui s’intéresse à leur extraordinaire armement qui ne fonctionne qu’avec l’ADN extraterrestre. Wikus, un agent de terrain du MNU, contracte un mystérieux virus qui se met à modifier son ADN. Il devient alors l’individu le plus recherché. Repoussé, isolé, sans aide ni amis, il ne lui reste qu’un seul endroit ou se cacher : le District 9.
Vision métaphorique de l’histoire récente de l’Afrique du Sud, le film n’en demeure pas moins, par anticipation, une très actuelle mise en garde.